Ένας κατάρας έφηβος σώζει την ανθρωπότητα μία ψυχή τη φορά. Το D.Gray-man διαδραματίζεται σε έναν φανταστικό 19ο αιώνα στην Αγγλία και αφηγείται την ιστορία του Άλεν Γουόκερ, ενός 15χρονου αγοριού που περιπλανιέται στη γη αναζητώντας την Ίννοκενς. Μετά τον Μεγάλο Κατακλυσμό, η Ίννοκενς μεταφέρθηκε σε άγνωστα μέρη του κόσμου και είναι η μυστηριώδης ουσία που χρησιμοποιείται για τη δημιουργία όπλων που εξαλείφουν δαίμονες γνωστούς ως άκουμα. Ως κληρονομική εξορκιστής, το κύριο όπλο του Γουόκερ κατά των άκουμα είναι ο σταυρός που είναι εγχαραγμένος στο κόκκινο, παραμορφωμένο αριστερό του χέρι, που περιέχει Ίννοκενς. Όχι μόνο καταστρέφει τα άκουμα, αλλά βλέπει και τα άκουμα που κρύβονται μέσα στην ψυχή ενός ανθρώπου! Μαζί με τους συμμάχους του εξορκιστές που μάχονται κάτω από την εντολή της Μαύρης Τάξης, ο Γουόκερ ηγείται της μάχης κατά του Millennium Earl, του κακού όντος που επιδιώκει την καταστροφή της ανθρωπότητας.